Le Conseil Général mène depuis 2006, une coopération avec le Conseil du Cercle de Yanfolila au Mali, en collaboration avec l'Institut Régional de Coopération - Développement (IRCOD) et l'association "Agriculteurs français et Développement International" (AFDID68).

Cette coopération concerne différents domaines : l'enseignement secondaire (collèges), le développement agricole (aménagement de retenues d’eau, transformation des mangues en purée...) ainsi que le soutien logistique auprès des services du Conseil de Cercle.

Le Département a également signé un accord de partenariat avec la région d'Omusati en Namibie et le territoire historique de Gipuzkoa San Sebastian en Espagne (2009).
Plusieurs projets sont à l'étude, notamment sur les méthodes à développer pour la conservation des aliments. L'objectif affiché : contribuer à assurer à la population une plus grande autonomie alimentaire.

Par ailleurs, le Conseil Général soutient les projets d'aide au développement menés par des associations haut-rhinoises dans les périmètres administratifs de ces collectivités.