Au cœur d'une Europe élargie, le Département du Haut-Rhin entretient depuis de nombreuses années des liens très étroits avec ses voisins de Suisse et d'Allemagne. Représenté au sein de diverses structures de coopération transfrontalière institutionnelles, il est également impliqué au côté de la Région Alsace, autorité de gestion, dans la mise en œuvre de l'initiative européenne Interreg. Cette opération a permis et permettra encore (2007-2013) de financer de nombreux projets bi ou trinationaux.

Le Conseil Général soutient par ailleurs le développement de l’Eurodistrict Trinational de Bâle et de l’Eurodistrict Freiburg Centre Sud Alsace. Il contribue aussi au maintien de divers réseaux d'informations et de conseils aux citoyens (Infobest Palmrain, Infobest Vogelgrun/Breisach et Eures-T).
Depuis l'automne 2009, le réseau Infobest diffuse un nouveau site Internet www.infobest.eu . Ce site constitue une véritable base de données bilingue sur les questions transfrontalières concernant le Rhin Supérieur dans les domaines de l'éducation, de la formation, du mariage, de l'emploi...


Le Département apporte également une aide financière et une assistance technique dans la mise en œuvre d'initiatives transfrontalières de toute sorte, d'origine publique ou privée. Il est par ailleurs porteur de trois projets Interreg : le réseau cyclotouriste transfrontalier « 2 rives, 3 ponts, mille choses à découvrir », le Système d’Information Géographique du Rhin Supérieur et la Maison TriRhena Palmrain.